1922年毕业于丽江联合中学。1925年在京师大学预科毕业考试期间，因患重病住院治疗及回乡休养多年。1929年秋后相继在京师大学、北京大学、中央研究院历史语言研究所，师从钱玄同、章太炎，刘半农、余嘉锡、马叔平、陈垣、梁启超、赵元任、李方桂等攻读音韵、训诂、目录、校勘、名物、金石、史地、语言等诸门课程。毕业和结业后曾在京师大学研究院、私立民国大学、洛阳师范学院和云南大学历史系从事教学与研究工作。历任编辑、教授、系主任、文法学院院长和云南通志馆的编审、审定、续修委员及云南省民委委员、全国人大民委委员、省博物馆筹委会副主任、云南省民族研究所副所长、云南省少数民族社会历史调查组副组长、九三学社云南省工委副主任等职。当我们回顾即将过去的20世纪时，可以毫不夸张地说，方国瑜无疑是20世纪云南最了不起的民族史学大师。他以敢为天下先的勇气，实事求是的态度，刻苦认真的精神，在中国民族历史、中国西南边疆史地、云南史料目录、东巴文化等方面都做出了震古烁今的杰出成就。
193年秋，长江第一湾的暑气未消，玉龙雪山已银妆素裹。刚毕业于北京大学国学研究所的方国瑜回到魂萦梦绕的家乡。他此次回乡的目的，是要揭开东巴象形文字及东巴文化的神秘面纱。东巴教是流行于丽江一带的巫教，其经书用原始的象形文字(东巴文)书写，多数东巴教徒虽滔滔念诵，却不解字义。方国瑜在导师刘半农的支持下怀着发掘、整理传统文化的志向，不畏山高水险深入到金沙江边的石鼓、巨甸等地考察，首次发现了纳西标音哥巴文摩崖。他虚心向东巴经师求教，浴心钻研，并翻译了东巴文记录的纳西传说《人类起源》及若干经书的章节。经过近半年的努力，终于完成了《纳西象形文字谱》的初稿。1934年6月，他满载纳西象形文字资料回到北京。刘半农先生不幸病殁，经董作宾先生介绍，他到南京向赵元任、李方桂先生学习语言学，用国际音标为纳西象形文字标音，编成既是我国也是世界上第一部祥实、科学的《纳西象形文字谱》。章太炎先生大为赞赏，欣然为之作序，称此书是研究纳西历史文化的“先导”。郭沫若、吴暗、胡厚宣、周有光等著名学者都认为该书有极高的学术价值。
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